Năm 2013 PVC thua lỗ 2.228,5 tỉ đồng, trong đó riêng công ty mẹ lỗ 1.927 tỉ đồng. Lũy kế cuối năm 2013, công ty mẹ - PVC lỗ hơn 3.262 tỉ đồng. Ngày 16-9-2016, Cơ quan cảnh sát điều tra Bộ Công an cho biết đã ra quyết định khởi tố vụ án hình sự cố ý làm trái quy định của Nhà nước về quản lý kinh tế gây hậu quả nghiêm trọng xảy ra tại PVC và các đơn vị thành viên. Đồng thời cơ quan điều tra cũng ra quyết định khởi tố bị can, thi hành lệnh bắt tạm giam các ông: Vũ Đức Thuận; Nguyễn Mạnh Tiến - phó tổng giám đốc; Trương Quốc Dũng - nguyên phó tổng giám đốc; Phạm Tiến Đạt, nguyên kế toán trưởng PVC, để điều tra cùng hành vi "cố ý làm trái quy định của Nhà nước về quản lý kinh tế gây hậu quả nghiêm trọng". Liên quan tới vụ án này, ông Trịnh Xuân Thanh - nguyên phó chủ tịch UBND tỉnh Hậu Giang, nguyên chủ tịch HĐQT PVC - cũng bị khởi tố và truy nã.[25] Theo báo Dân Trí, 4.6.2017, ông Đỗ Văn Hồng, nguyên Tổng giám đốc Công ty PVC-Kinh Bắc (trước đây thuộc PVC)- một nghi can được cho là có liên quan đến nghi can Trịnh Xuân Thanh cũng đã bị khởi tố, bắt tạm giam.[27]

Cuối năm 2016, Tổng công ty Điện lực Dầu khí Việt Nam (PV Power) cho biết ông Lê Chung Dũng, Phó tổng giám đốc PV Power đi nước ngoài 3 tuần chưa về. Ông Dũng được cho là bỏ ra nước ngoài vì được cho là có liên quan đến những vấn đề triển khai dự án Nhà máy Nhiệt điện Thái Bình 2, khi ông này còn làm ở Tổng công ty Cổ phần Xây lắp dầu khí (PVC), thời ông Trịnh Xuân Thanh làm Chủ tịch và ông Vũ Đức Thuận làm Tổng giám đốc. Về việc này, PV Power cho biết, ông Lê Chung Dũng là nguyên Phó tổng giám đốc PVC và được điều động và bổ nhiệm chức vụ Phó tổng giám đốc PV Power từ tháng 1/2011.[55]